DEPARTAMENTO
DE BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR
UNIVERSIDAD DE
SALAMANCA
MODELOS MOLECULARES
|
DEPARTAMENTO
DE BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR
MODELOS MOLECULARES |
|
Las demostraciones que se presentan aquí forman parte de un proyecto docente de Bioquímica estructural desarrollado por el Dr.Enrique Battaner Arias. Estas demostraciones requieren que el programa Chime haya sido montado como componente (plug-in) de Netscape ( preferible Communicator). Una copia local de Chime, apta únicamente para plataformas Windows 95 ó 98, puede obtenerse aquí. en la página oficial de MDLI puede encontrarse el programa para otras plataformas . El proyecto se ha desarrollado gracias a una subvención de la Consejería de Educación y Cultura de la Junta de Castilla y León (Elaboración de Recursos de Apoyo a la Enseñanza Universitaria, años 2000-01). En el marco de Microsoft Internet Explorer debe utilizarse una versión 5.5 como mínimo. Cualquier sugerencia o consulta sobre estos módulos, puede dirigirse al autor a batta@gugu.usal.es. Salamanca, Noviembre 2001 Última actualización: Versión 3.0, Noviembre 2001 |
REFERENCIAS Y AGRADECIMIENTOS
Muchas estructuras que se muestran en estas presentaciones se han obtenido a partir de bases de datos que existen en la Red. Otras han sido calculadas y traducidas a formato .pdb por el autor. Nótese que la mayor parte de las estructuras de moléculas pequeñas son teóricas; las de macromoléculas (proteínas y ácidos nucleicos) se han obtenido del Protein Data Bank (Brookhaven, EE.UU.) o de su sección europea en Cambridge Crystallographic Data Center (CCDC).
La base de estas representaciones es RasMol, programa desarrollado por Roger Sayle de la compañía GlaxoWellcome. RasMol puede obtenerse vía FTP. El autor desea hacer constar su agradecimiento por este programa, que realmente ha revolucionado el campo de la visualización informática de moléculas.
La integración de RasMol en las páginas de la Red se hace posible gracias al programa Chime, programa desarrollado por MDL que se incorpora como componente de Netscape o de Microsoft Internet Explorer.
Una información completa y exhaustiva sobre Rasmol y Chime puede encontrarse en la página desarrollada y mantenida por Eric Martz en la Universidad de Massachussetts, en Amherst, MA, EE.UU. Esta página brinda asimismo multitud de direcciones donde encontrar demostraciones didácticas, así como un manual completo para la preparación de las mismas.
Deseo hacer referencia de las impresionantes imágenes de bicapas lipídicas ofrecidas por H.Heller, M.Schaefer y K. Schulten de la Universidad Ludwig Maximilian de Munich, Alemania, que pueden obtenerse por FTP.
Las coordenadas de muchas moléculas que aquí se presentan han sido obtenidas en HIC-UP, Hetero-compound Information Centre - Uppsala, Suecia.
Asimismo, el Dr. Dave Woodcock mantiene una página de modelos moleculares en formato pdb en el Departamento de Química del Okanagan University College, Kelowna, B.C., Canadá
El programa CORINA de la Universidad de Erlangen, Alemania, ofrece facilidades para el cálculo de coordenadas de moléculas pequeñas.
La base de datos KLOTHO, Washington University, St.Louis, MO, EE.UU. es asimismo una importante fuente para biomoléculas pequeñas.
Un sitio diseñado y mantenido por Andreas Bohne de la Universidad de Hildesheim, Alemania y Claus-Wilhelm von der Lieth, Deutsches Krebsforschungszentrum , Heidelberg, Alemania, dedicado al cálculo de estructuras de oligosacáridos es SWEET Las demostraciones que aquí se presentan han hecho un uso intensivo del mismo.
Otros sitios utilizados en esta página han sido MathMol Library, New York University, EE.UU.; WWU Virtual Molecular Model Kit , y Molecular Models for Biochemistry at CMU (Carnegie Mellon Univ., EE.UU.)